Blisko siedmiowiekowa historia gotyckiego kościoła w Trutnowach nieodłącznie wiąże się z historią samej miejscowości.

Wieś Trutnowy pojawia się po raz pierwszy w źródłach pisanych w roku 1308,w akcie darowizny Władysława Łokietka, w którym potwierdzał nadanie Jakubowi, kasztelanowi tczewskiemu i jego bratu, ośmiu wsi na terenie Żuław Gdańskich. Wśród nich była m.in. wieś Uthatino, identyfikowana jako Trutnowy. Dwa lata później wsie te kupił zakon krzyżacki. Oficjalna lokacja wsi nastąpiła w roku 1334. Przywilej osadniczy wydał wielki mistrz krzyżacki Luter von Braunschwig dla Wilhelma Robrach.

Kościół w swej najstarszej części (prezbiterium) pochodzi z ok. 1340 roku, a więc z czasów lokacyjnych. Część nawową, pseudobazylikową dobudowano w pierwszej połowie XV w., w trzecim zaś etapie dobudowano wieżę. Mimo długotrwałego procesu budowlanego, kościół przedstawia się jako dzieło architektonicznie harmonijne. Remonty przeprowadzane w XVII, XIX w., a także w czasach powojennych nie zmieniły zasadniczo gotyckiego charakteru świątyni. 14 maja 2019 roku miało miejsce poświęcenie odbudowanej wieży kościelnej, zniszczonej w1945 r..

Wśród zabytków, które zachowały się w kościele, na uwagę zasługuje pięknie odrestaurowany, barokowy Ołtarz główny (XVII w.), ambona (XVII/XVIII w.), chrzcielnica (XVIII w.), stalle, konfesjonał i renesansowy chór muzyczny z XVII w. Zainteresowanie budzi też prastara, granitowa kropielnica, pochodząca prawdopodobnie z XIV w. Wśród innych zabytków wymienić warto dzwon z 1517 roku, jeden z najstarszych na tym terenie.
Wnętrze kościoła – płaski strop nawy głównej i ściany boczne ozdobione są dużymi malowidłami z okresu powojennego. Prezbiterium ma zdobione sklepienie gwiaździste.
Na zewnątrz, na ścianie wschodniej, zwraca uwagę kamienny kartusz z herbem Gdańska i datą 1687, będący świadectwem czasu przynależności Trutnowa do Gdańska. Na ścianie wschodniej godny uwagi jest również „znak wielkiej wody”, wmurowany na pamiątkę tragicznej powodzi z roku 1829.

Bez wątpienia, minionych siedem wieków, a także specyficzne uwarunkowania klimatyczne i geologiczne musiały wycisnąć na materialnej kondycji kościoła swój ślad. Piękny i nastrajający do modlitwy, wymaga stałej troski, które przywróciłyby mu jeszcze większą świetność.